Sinopsis
En el año 2012 Japón fue invadido por los Mu. Seres parecidos a humanos de otra dimensión con sangre azul.
En el año 2015 Tokio es atacada por invasores, quienes son repelidos por un arma humanoide llamada Dolem. Durante el caos, Ayato Kamina conoce a Reika Mishima, una compañera de clase.
Ese mismo día, es atacado por funcionarios del gobierno, pero una mujer llamada Haruka viene a rescatarlo, informándole que fue enviada a buscarlo por la Organización TERRA y que Tokio había sido sellada en una grieta del tiempo donde el tiempo fluye un tercio más rápido que el mundo exterior.
Huye de Haruka en un tren donde ve a Reika una vez más. Al llegar a la Habitación de Rah, la sigue hasta un tremendo huevo del que nace el Dolem RahXephon, y mientras ella canta, su madre aparece encima del Dolem que había detenido la invasión TERRA. En la batalla, la madre de Ayato resulta herida y Ayato huye de Tokio Júpiter con Haruka al ver la sangre azul de su madre.