Sinopsis
En el año 2032, la Tierra sufre una repentina invasión de fuerzas alienígenas. Pasaron diecinueve años después de ese evento, y con el caos reinando en el mundo, la única forma de rescatarlo de la destrucción total es sobrevivir y luchar contra aquellos que obligan a la Tierra a una aniquilación total.
Black Rock Shooter (en el juego un "arma viviente" designada con el nombre BRS), tiene la responsabilidad de proteger a la humanidad, y posee la capacidad de luchar contra los invasores como arma definitiva. Ella emerge de las ruinas de San Francisco y es testigo de una acumulación de tropas supervivientes que se convierten en su apoyo durante toda su misión.